Il patrimonio del Museo è costituito da oltre 26.000 reperti. Nella sala 1 viene affrontata la delicata questione della biodiversità umana. Di notevole interesse la serie di calchi facciali di tipi somatici africani e asiatici eseguita da Lidio Cipriani negli anni’30. L’allestimento originario realizzato a metà Novecento a sostegno della teoria delle razze umane è messo in contrapposizione con il moderno pannello che, con l’ausilio di filmati, intende divulgare le attuali conoscenze sulla variabilità biologica e risvegliare una chiara coscienza dell’impossibilità di classificare gli uomini. L’esposizione dell’antica strumentazione, utilizzata sui reperti ossei e sul “vivente” per il rilievo delle misure antropometriche, costituisce un’ulteriore testimonianza dello studio della variabilità umana agli inizi del Novecento.

Nella sala 2, le teche disposte lungo la parete destra illustrano l’evoluzione biologica e culturale dell’uomo. Sono esposti i principali calchi dei crani degli Ominidi come il cranio infantile di Australopithecus africanus, eseguito nel 1925 da Raymond Dart e la calotta cranica di Homo erectus pekinensis realizzata nel 1936. Prestigiosi i manufatti ltici e archeologici come i bifacciali paleolitici dal Bacino di Venosa in Basilicata, le asce neolitiche in pietra levigata dalla Calabria e dall’Europa, le ceramiche dell’Età dei Metalli da Capri e Sorrento. Notevole la selezione di reperti della Collezione Schliemann dal sito di Hissarlik (Troia). Scudi in pelle provenienti dall’Africa, aste cerimoniali dei Maori della Nuova Zelanda, oggetti delle popolazioni indigene dell’Isola Palawan (Filippine) e della piccola Andaman (India) sono presentati nelle teche lungo la parete sinistra della sala. Di ragguardevole valore sul fondo della sala le quattro mummie umane sudamericane di epoca precolombiana, prezioso archivio biologico e culturale, per il quale è stato ricostruito l’originario contesto funerario grazie ad un progetto di studio, recupero e conservazione.

Nella sala 3 sono esposti reperti osteologici umani che costituiscono un ricco archivio di dati sulla biologia delle antiche popolazioni. Tra essi molto suggestivi i crani affetti da anomalie morfologiche e traumi appartenenti alla Collezione Craniologica di Giustiniano Nicolucci. Interessanti i crani provenienti dagli scavi della Pompei del 79 d.C. e i calchi delle vittime delle eruzioni preistoriche e storiche del Somma-Vesuvio sull’antica spiaggia di Ercolano. Di rilievo il cranio “esploso” e i reperti di pelle umana tatuata derivanti dalle ricerche di Abele De Blasio nel campo dell’Antropologia fisica e criminale, rispettivamente.