La collezione venne allestita in concomitanza dell’istituzione della Scuola Superiore di Medicina Veterinaria e Agricoltura del 1848 (poi Facoltà di Medicina Veterinaria nel 1935), per fornire agli studenti materiali per esperimenti pratici ed esperienze dirette di indagine-studio degli organi interni degli animali. Il Museo vero e proprio fu predisposto nel 1861 e rimodernato nell’allestimento nel 1907, con la fondazione dell’Istituto di Anatomia.

Consta di preparati anatomici in cera, muscoli, viscere, parti di scheletri, animali imbalsamati, reperti patologici e strumenti operativi. Notevole è la collezione Diamare per la presenza di esemplari di fauna mediterranea conservata a secco o in formalina e un composto anatomico realizzato nel 1835 con collo e testa di cavallo.