La sede sono gli Arsenali medicei, sul lungarno pisano, una serie di capannoni adibiti ad arsenali per la costruzione e la manutenzione delle galee dei cavalieri di Santo Stefano corpo cavalleresco adibito alla difesa navale contro la minaccia saracena. Sulla facciata degli arsenali, infatti, una serie di iscrizioni commemorano le principali vittorie dei cavalieri contro i Saraceni. Gli arsenali andarono ben presto in disuso e vennero occupati da strutture militari e poi da stalle. Fino al primo dopoguerra ospitarono il centro di riproduzione ippica dell’Esercito Italiano; parte degli stazzi e delle strutture adibite al ricovero dei cavalli sono state mantenute nell’allestimento, per conservare memoria di questa importante fase storica.

Un racconto lungo 1000 anni fatto di commerci e marinai, rotte e naufragi, navigazioni e vita di bordo e della storia della città di Pisa. 800 reperti esposti in 8 sezioni tematiche, all’interno delle quali si snodano, in una sequenza logica, le sezioni del museo. La città tra i due fiumi, Terra e acque, La furia delle acque, Navalia, Navi, Commerci, La navigazione, Vita di bordo.