Il museo venne creato alla fine del XIX secolo, quando scavi effettuati nella cripta della vecchia chiesa del paese portarono alla luce numerosi corpi mummificati, alcuni dei quali con gli abiti ben conservati. Con il passare degli anni però l'aria umida entrante dalle finestre iniziò a compromettere lo stato di conservazione, sia degli abiti che delle mummie stesse.

Ad oggi si contano 24 mummie umane (tre sono esposte presso il Museo Anatomico dell'Università di Perugia) che comprendono uomini, donne e bambini come pure 10 teste conservate, più di 270 teschi, una bara ancora sigillata e due volatili mummificati (uno di essi è un'aquila) a seguito di esperimenti effettuati nel secolo scorso. Durante gli ultimi interventi di pulitura e manutenzione della cripta sono state rinvenute delle sepolture nella sala antecedente la stessa, forse destinate ai non battezzati.

Si conosce la storia solo di alcune delle mummie esposte; le informazioni sono ricavate da racconti orali e ricerche negli archivi ecclesiastici.

Una particolare ricostruzione riguarda le mummie di due asiatici (riconoscibili dalla caratteristica fisionomia). Le leggende narrano di un ricco uomo e della sua sposa, probabilmente cinesi, in viaggio di nozze in Italia in occasione del Giubileo del 1750; dopo essersi ammalati, morirono a Ferentillo, dove furono sepolti nella chiesa del paese. La leggenda è supportata dalla presenza dei loro abiti, in buona condizione fino agli anni settanta.