Il museo, situato nella ex chiesa di San Girolamo, è stato inaugurato il 27 novembre del 1999 ed è stato dedicato a Vittorio Bernardi studioso di arte ed archeologia, promotore di scavi nel territorio bientinese sin dagli anni Cinquanta e collaboratore delle Soprintendenze di Pisa e Firenze. Già dagli anni Cinquanta il Bernardi aveva promosso l'allestimento di un antiquarium che avesse potuto accogliere i reperti rinvenuti nella zona.

Le scoperte archeologiche dell'area del Lago di Bientina iniziano già nell'Ottocento nel quadro dei lavori di bonifica con ritrovamenti nel comune di Capannori, proseguono alla fine degli anni Venti del Novecento, in località Isola, e poi ancora negli anni Cinquanta (necropoli del Podere 54 e 56) e Novanta (scavi di Fossa 2 e Fossa 5).

I reperti provengono dallo scavo di Fossa 5. Di particolare interesse una scodella emisferica carenata di impasto nero bruno, la tazza carenata di impasto nero, alcune olle di forma ovoide ed una fuseruola biconica decorata con scena figurativa. Tra i materiali provenienti dal sito di Fossa 2 si segnalano un'anfora vinaria etrusca, una coppa carenata in bucchero ed alcune olle con labbro svasato. Delle grandi olle cinerarie, una coppia di orecchini in oro e una lekythos attica provengono invece dall'abitato e dalla necropoli del podere 56.