Dopo un’introduzione tematica nel sistema concentrazionario nazista, i campi di concentramento di Mauthausen e di Ebensee nonché una visione d’insieme della deportazione dalla Toscana, la parte principale del museo, che si estende su circa 70 metri quadrati, è costituita da oggetti provenienti dalle gallerie del lager di Ebensee. Questi furono raccolti negli anni ’70 da superstiti pratesi insieme a concittadini e donati al museo.

Inoltre la campana che si trovava sul piazzale dell’appello del lager di Ebensee si trova nel museo, un prestito dal Comune di Ebensee e un’espressione del gemellaggio Prato-Ebensee stretto nel 1987.

Al primo piano dell’edificio si trova il Centro di Documentazione, che dispone di una sala conferenze con circa 70 posti a sedere modernamente attrezzata, una biblioteca comprendente circa 3000 volumi nonché tre computer che consentono l’accesso a documenti sulla deportazione.