Il piccolo museo è allestito all'interno del chiostrino, ed è ricco di testimonianze storiche ed artistiche di notevole interesse. Le opere d'arte presentate derivano per lo più dalla Collegiata, dai restauri ivi operati nei primi decenni del XX secolo; alcune sono state prelevate da altre chiese e conventi del territorio, ora non più funzionanti. Vi troviamo due veli eucaristici bizantini del XIII secolo, un polittico degli inizi del XV secolo, la "Natività " di Cristoforo Caselli, una splendida croce astile quattrocentesca dell'orafo bergamasco Bartolomeo Zucconi. Sono inoltre visibili alcuni dipinti ad olio.