Il Museo è collocato in alcune parti del convento, ex monastero di Santa Chiara, soppresso da Napoleone nel 1810. Il percorso del Museo si divide in diverse sezioni che rappresentano sia le tappe fondamentali della storia della congregazione sia la vita quotidiana delle religiose. L’elemento fondamentale dell’allestimento è l’immagine del convento prima del terremoto del 1976.

La Prima Sala espone parte del rivestimento ligneo che abbelliva diversi ambienti del “vecchio” convento. Al centro della sala sono raccolti oggetti di notevole rilievo risalenti alle origini della congregazione: un Crocifisso ligneo e la statuetta dell’Immacolata , insieme ad alcune tavole del progetto per il convento, molto probabilmente redatte su indicazione della fondatrice. La seconda Sala espone i registri, i libri degli acquisti ma anche i cilici ed i rosari delle “prime”suore. La Terza Sala ricorda lì esperienza Gemonese del’collegio e della scuola alla Missione Americana e a quella Orientale.