Il Museo dei Ferri Chirurgici, allestito in un'antica saletta dell'Ospedale, raccoglie ferri urologici, ostetrici e ortopedico-traumatologici databili principalmente tra il Settecento e i primi anni dell'Ottocento. Gli strumenti sono di fabbricazione pistoiese, nazionale (Bologna) e internazionale (Inghilterra e Francia). Il Museo conserva, inoltre, una raccolta di testi medici. Nel giardino dell'Ospedale si trova il restaurato anfiteatro anatomico del Seicento.

Il laboratorio di farmacia, infine, conserva vari reperti databili dal XVIII al XX secolo: banchi per la preparazione dei prodotti galenici, vetreria farmaceutica, una raccolta di vasi e armadi per la conservazione delle essenze officinali.