Nei sotterranei della basilica omonima, l’ambiente recentemente restaurato una volta sede della Compagnia del Santissimo Sacramento, accoglie oggi il primo nucleo del Museo del Tesoro in cui si possono ammirare gli splendidi oggetti che durante i secoli hanno costituito gli arredi liturgici e i preziosi reliquiari della basilica.

Oltre al museo, nei sotterranei della Basilica è possibile vedere la sepoltura di Giovanni di Bicci, la tomba monumentale di Cosimo il Vecchio e una lapide funeraria in onore di Donatello. Dal dicembre del 2014 i sotterranei si sono poi arricchiti di una nuova sala dedicata all’esposizione di cinque tavole con disegni di Jacopo da Pontormo.