Unico in Puglia, fu fondato nel 1977 dal prof. Pietro Parenzan, illustre naturalista e docente universitario di biologia marina, che ha dedicato la sua vita allo studio e alla ricerca delle risorse marine e del sottosuolo.

Il mondo sotterraneo del pianeta Terra si svela attraverso migliaia di reperti di natura biologica, geologica, antropologica e paleontologica che danno vita alle quattro sezioni di Biologia del sottosuolo, Geologia, Paleontologia generale e Paleontologia umana.