L’attuale Museo del Santuario, che mantiene nei suoi contenuti fondamentali l’allestimento realizzato negli anni Cinquanta, rappresenta un unico percorso costituito dallo storico Museo del Tesoro e dalla Sala Peluzzi, inaugurata nell’estate del 2008.
Prima sala: (secoli XVI-XVII) ci accoglie la grande immagine dell’Immacolata Concezione (1589) di Paolo Gerolamo Marchiano (Savona, 1532-1628), una delle prime pale d’altare realizzate per la Basilica. Fra i doni preziosi e i paramenti sacri di vescovi e principi spiccano le opere, per la maggior parte di provenienza romana, legate al savonese mons. Gio. Stefano Siri (1601-1635), sepolto in chiesa, nella cappella della Visitazione di Gian Lorenzo Bernini.
La cella dei preziosi ospita, tra teli di damasco rosso cremisi, i gioielli più ricchi fra quelli che anticamente ornavano la statua della Vergine venerata nella cripta della chiesa: oltre alla celebre Corona in oro e gemme (secc. XVIII-XIX), una collana e due cuori ex voto, gioielli di gran pregio donati dai Savoia. Inoltre il raffinato servizio liturgico d’argento dorato di gusto neoclassico lasciato da mons. Agostino De Mari (1794-1840), vescovo e benefattore di Savona.
Seconda sala: (secolo XVIII) viene presentata una campionatura di paramenti sacri in prevalenza settecenteschi, dei quali la collezione è particolarmente ricca, molto spesso realizzati con stoffe pregiate ricavate dagli abiti donati al Santuario da donne dell’aristocrazia genovese e savonese.
Terza sala: pianeta violacea in seta e calice dell’orefice romano Vincenzo Belli, doni settecenteschi del papa Pio VII, del quale sono esposti il trono e il ritratto, che ricordano la permanenza del pontefice a Savona. Ostensorio, del piemontese Carlo Balbino, regalato dalla regina Maria Cristina di Borbone moglie del re Carlo Felice, morta a Savona nel 1849.
Quarta sala: selezione di ex voto posseduta dal Santuario, che testimonia, nella varietà dei temi e dei materiali, la molteplicità dei segni di gratitudine di chi ha visto esauditi i propri voti e ricevuto grazie dalla Vergine. La statua lignea dell’Ecce Homo (sec. XVI), simbolo delle sofferenze umane, conclude il percorso verso il corridoio, arricchito da una serie di quindici mazze processionali (sec. XVII) disposte lungo la parete.
