Il museo è oggi costituito da pitture di arte sacra e da oggetti preziosi donati come ex voto, raccolti nella cappella delle Benedizioni, nel secondo cortile interno al chiostro.

Nella parte superiore, è inoltre esposta la "Bolla del Perdono", di papa Pio IV (1562) che concedeva l'indulgenza plenaria a quanti avessero visitato il santuario di Corbetta nel giorno del giovedì dopo Pasqua.

Vi si conservano inoltre una serie di arredi della chiesa, tra cui diverse pale d'altare in oro e pietre preziose, o intessute in seta, realizzate per l'altare maggiore della chiesa inferiore di San Nicolao o per le cappelle devozionali, e vasellame liturgico in oro ed argento. Una sezione particolare raccoglie anche una serie di vesti liturgiche, pianeti, piviali e stole, settecentesche ed ottocentesche. Qui si trova anche un prezioso calice donato dal cardinale Alfredo Ildefonso Schuster in occasione della sua visita pastorale del 1938.

La cornice degli ambienti è inoltre costituita da una vasta collezione di mobili d'epoca che si possono riscontrare in maniera copiosa anche nei vecchi appartamenti di residenza del rettore.