Il museo è stato inaugurato l'8 aprile 2008 (locale festa in occasione di San Maiolo, protettore delle messi dalla grandine) dalla Pro Loco di Robecco sul Naviglio, in unione con l'amministrazione comunale con l'intento di illustrare il ruolo del Naviglio Grande nella storia dei comuni attraversati e la sua importanza nella locale cultura popolare, per mezzo dell'esposizione permanente con criteri didattici di fotografie e documenti.

La sede del museo, inoltre, si integra con l'opera di recupero iniziata ad opera dell'amministrazione comunale del palazzo Archinto, affacciato sulle rive dello stesso Naviglio Grande e meglio conosciuto col soprannome di "castello" per le sue forme medievaleggianti. La struttura del museo si articola su due sale, accorpate alla sede della nuova biblioteca, spostasi in questa nuova sede contemporaneamente all'istituzione del museo.

Parallelamente al museo, il comune ha anche inaugurato (in associazione coi comuni di Cassinetta di Lugagnano e Boffalora sopra Ticino) la Linea delle Delizie, la ripresa dell'antica navigazione su un tratto del Naviglio Grande effettuata al fine settimana che consente la visita della maggior parte dei borghi che si affacciano sul Naviglio e di apprezzarne le bellezze culturali ed artistiche come le famose ville storiche descritte dal Dal Re nel Settecento.