Nato negli anni '50 per volontà di Guglielmo Pepe, dottore in veterinaria con la passione del mare, è all'inizio una piccola raccolta di arnesi e di qualche particolare esemplare di animale marino. Nel 1981 viene riaperto al pubblico come museo civico. Oggi, dopo molti anni di chiusura, è aperta al pubblico una sola sezione dal 2008, poiché si è rinunciato ai lavori di ampliamento previsti. Recentemente infatti, ne era stato previsto il trasferimento nell' adiacente ex Istituto "U. Di Marzio". La Sezione Animali Marini Protetti "Carmine Di Silvestro", conserva oggi diversi esemplari di tartarughe marine e una collezione di scheletri di cetacei del Mediterraneo, fra i quali un esemplare di capodoglio, e uno di balenottera comune.