Il Museo si sviluppa nei piani alti della Torre con ingresso al piano terra e un sistema di scale a chiocciola che riproduce il percorso dal fondale all’emersione dal mare. Le scale portano fino alla cima da cui è possibile ammirare il suggestivo panorama circostante. L’ecostistema è riprodotto fedelmente, partendo dal fondale che conserva resti di epoca romana insabbiati nel sottosuolo, risalendo lungo le scale è possibile ammirare esemplari di specie marine tipiche dei fondali, di profondità e di superficie, passando per la Sala delle Conchiglie, delle Biodiversità e dei Delfini.