Il museo si snoda in varie sale, la prima è dedicata a Sergio Tofano e al suo Signor Bonaventura. Dopo questa sala se ne possono notare altre dedicate tutte a fumetti d'epoca, quali: Frugolino, Novellino, Corriere dei Piccoli e anche spazi dedicati a autori come Antonio Rubino. Possiamo trovare, inoltre, anche alcuni primi numeri di Topolino giornale. Si arriva, poi, a sale dedicate a fumetti e autori più recenti, come quella dedicata a Federico e Luciano Pedrocchi. Si conclude poi la visita con Tex, Diabolik e con la sala dedicata al mondo Disney e a Jacovitti. Nel 2005 è stata inaugurata la seconda parte del museo, dopo lavori di restauro della struttura, stessa cosa vale per la terza parte del museo inaugurata invece nel 2006. Le sculture all'interno del museo e le scenografie sono state realizzate da Renzo Pardini e Roberta Traversa in collaborazione con gli autori dei personaggi dei fumetti .

È poi presente un percorso interattivo comprendente "Le case dove vivono i sogni", Lupo Alberto che insegna come nasce un albo a fumetti, la Sala Disney, il Laboratorio di Art Attack.