Il percorso di visita segue un ordine tematico e si snoda su quattro livelli principali: al piano superiore, la grande sala espositiva che ospita la cupola di copertura dell'antica chiesa di Santa Chiara, a dimostrazione del forte legame tra la contemporaneità delle esposizioni e l'antichità del luogo che le ospita. Ai livelli intermedi le sale espositive vengono introdotte dalle originali scale del complesso monastico e si alternano agli spazi dedicati a laboratori creativi e didattici. Al piano inferiore la sala dedicata alla moto del noto artista Andrea Pazienza, concessa da Marina Comandini, madrina del Museo.

Tanti gli artisti di primo piano che in questi anni sono stati ospiti del Museo: Tanino Liberatore, Ivo Milazzo, Angelo Stano, Marina Comandini, Bruno Brindisi, Davide Toffolo, solo per citarne qualcuno. Ognuno di loro, si è misurato con Cosenza, con le sue verità e le sue leggende. Chi si è cimentato in questa operazione, lo ha fatto attraverso i linguaggi della modernità, rendendo attuale tutto ciò che nella percezione popolare ormai è solo un lontano ricordo chiuso tra i libri di scuola.