Il museo comprende quattro sezioni, naturalistica, archeologica, sala esposizioni temporanee e sala polifunzionale, ed è progettato con la finalità di far conoscere l'ecosistema fluviale in ogni suo aspetto e particolarità. L'allestimento comprende microscopi, acquari, filmati e diorami ed ha un taglio fortemente didattico.

Quanto alla sezione archeologica, si trova al piano interrato ed è stata realizzata con l'acquisto di alcune antiche grotte sottostanti: reperti e fossili provengono non solo da Nazzano ma da tutta la media valle del Tevere, con particolare riferimento all'area di Lucus Feroniae che comprendeva anche Nazzano.