Il Museo espone una selezione di alcune collezioni private che conservano pezzi appartenuti a burattinai di tradizione bergamasca.

Collezione Ravasio, composto da circa 90 burattini, un teatrino e copioni, un archivio fotografico, una videoteca e una biblioteca. Collezione Cortesi, si compone di novantatré burattini e ventiquattro scenari realizzati da Cortesi stesso. A questi si aggiungono un centinaio di burattini storici, copioni, fondali, una piccola baracca, costumi e oggetti di scena. Collezione Milesi, composta da cento burattini scolpiti prevalentemente da Enrico Manzoni, detto Rissolì, a cui si aggiungono tre baracche e quaranta fondali. Collezione Losa, si compone di una cinquantina di burattini, di una baracca, di venti fondali e di oggetti di scena. Collezione Angelini, costituita da burattini tradizionali della muta del burattinaio Carlo Sarzetti di Bergamo.