Il nucleo più prezioso, attorno a cui si formò il Museo, è costituito da una serie di statuette napoletane databili alla fine del Settecento, che sembra appartenessero al grande presepe dei duchi d'Este; suscita curiosità una statuina smontata, con busto e testa in terracotta e mani e piedi in legno, il tutto collegato da fil di ferro ricoperto con stoppa, rivestita con stoffe riproducenti gli antichi costumi.

Tanti sono i presepi originali e curiosi, dal Madagascar, dal Messico, dal Perù, costruiti con i materiali, le tecniche e le ambientazioni più disparate: una Natività è composta da 4.500 mollette da bucato in legno! Accanto a opere di autori contemporanei, spiccano varie sculture in terracotta di produzione spagnola di fine '700, e il grande presepe di Raffaele Minutolo nell'incantevole atmosfera notturna della Piazza Grande di Modena di fine '800. Una serie di antiche incisioni e una bella raccolta di icone russe e greche completano il discorso tematico sulla Natività.