La collezione è ospitata nella cripta del Santuario e comprende opere d'arte sacra databili al periodo tra il XVI e il XVIII secolo. Il percorso di visita, articolato in diverse sezioni tematiche, si apre con uno spazio che espone numerose statue devozionali, tra cui una Madonna con Bambino attribuita a scuola tedesca del XVI secolo e una raccolta di opere settecentesche di grande valore.

Tra i numerosi capolavori custoditi nel Museo, è possibile ammirare inoltre un prezioso polittico di alabastro, di fattura inglese del XV secolo; una raccolta di paramenti sacri che illustra l'arte manufatturiera dei secoli XVII e XIX; una collezione di oggetti liturgici espressione dell'arte dell'argenteria tra ottocento e novecento.