L'itinerario museale si sviluppa in quattro sale espositive, lungo il quale sono presentate opere e suppellettile liturgica, databili dall'VIII al XIX secolo.

Sala 1: Il lapidario accoglie antichi reperti scultorei della città, databili dall'VIII al XIII secolo.

Sala 2: Nella sala sono illustrati gli esordi dell'arte del territorio leontino, raccogliendo al suo interno i più antichi dipinti.

Sala 3: Nella sala dedicata al Seicento sono esposti molti dipinti, commissionati secondo le disposizioni liturgiche del Concilio di Trento, che prevedevano un rinnovamento degli edifici ecclesiastici sia negli arredi che nelle immagini.

Sala 4: La sala presenta pregevoli paliotti, tra i quali gli esemplari più antichi sono costituiti da lastre di pietra scolpita e decorata, mentre quelli più recenti sono realizzati in avorio, metallo, legno o stoffe.