Nella prima sala sono esposti tre preziosi codici miniati e oggetti appartenenti al corredo liturgico della chiesa, tra i quali emerge per bellezza e qualità una Croce processionale in argento sbalzato e cesellato, realizzata intorno al 1552 da Pietro di M. Spigliati, della bottega dell’orafo fiorentino Benvenuto Cellini. Sempre di alta oreficeria il Reliquiario del Sacro Latte, realizzato nel 1639 e rinnovato nel 1709 da Massimiliano Soldani Benzi, architetto, scultore e celebre medaglista della corte granducale nonché progettista della Collegiata, sorretto da una portantina in legno dorato. Alle pareti due affreschi staccati dalla vicina chiesa di Cennano: una Madonna in trono con Bambino e Santi riferita a Luberto da Montevarchi (XV-XVI sec.), allievo del Perugino, e un grande frammento della “Madonna del Libro“.

La seconda sala può essere a buon titolo definita sala delle robbiane dove vi sono esposte opere realizzate in terracotta invetriata. Fra queste la Coppia di stemmi di Montevarchi sorretti da putti e il fregio con la storia della reliquia del Latte, in origine collocato sulla facciata della chiesa, poi asportato alla fine del XIX secolo. Il Tempietto Robbiano, capolavoro della fine del XV secolo, interamente decorato dalle ceramiche invetriate di Andrea Della Robbia, in foggia di baldacchino, fu commissionato dalla Fraternita, che incaricò della decorazione i Della Robbia.