Il museo presenta una collezione storica, costituita da opere d'arte contemporanea premiate e acquisite durante le diverse edizioni del Premio Lissone (dal 1946 al 1967 prima, e successivamente dal 2002 ad oggi).

All'interno del museo sono visibili, tra le altre, opere di artisti di rilievo internazionale come: Birolli, Gualtiero Galmanini, Moreni, Morlotti, Schifano, Vedova, Reggiani, Antoni Tàpies, Dorazio, Bellegarde, Adami. Una particolare attenzione è inoltre dedicata alla vita e all'opera di Gino Meloni, grande pittore lissonese scomparso nel 1989, ispiratore e fondatore del Premio Lissone, e al quale dal 2014 è dedicata la sala espositiva al piano -1 del museo.

Parallelamente ai due concorsi internazionali: "Premio Lissone" e "Premio Lissone Design" la diversificata attività del Museo di Arte Contemporanea di Lissone comprende lo sviluppo di progetti di didattica museale, rivolti alle scuole, l'organizzazione di grandi mostre temporanee, di eventi artistici, concerti e conferenze di approfondimento sul tema dell'arte e del design.