Il museo è ospitato in ambienti annessi alla cripta del duomo di Penne (ingresso e cortile, cripta, sala degli argenti, pinacoteca sala dei codici e saletta dei paramenti vescovili), appositamente restaurati.

I materiali esposti comprendono dipinti dalla fine del XIII al XVIII secolo, sculture dal XII al XVIII secolo, oggetti liturgici preziosi dal XIV al XIX secolo, codici dal XIV al XVIII secolo e paramenti vescovili del XVI-XVIII secolo.

Si citano in particolare la testa di una statua di epoca romana, un Cristo deposto del Maestro di Tivoli (XIII-XIV secolo), una Madonna con Bambino e Santo e una Crocifissione attribuiti al Maestro di Offida (XIV secolo), una Madonna del Latte attribuita alla bottega di Arnolfo di Cambio (XIV secolo), la pala di San Giovanni del pittore Samberlotti di Montorio (datata al 1617), San Giovanni scrive l'Apocalisse di Battista Gamba (XVIII secolo), e una serie di ritratti di dame e cavalieri di Malta di Penne (XVI-XVIII secolo). Del percorso di visita fa parte la cripta del duomo con volta affrescata del XIV-XV secolo.