Il Museo raccoglie reperti fossili e archeologici rinvenuti nelle grotte del salentino: esemplari fossili di fauna e malacofauna del Quaternario (granchi giganti del Pliocene), manufatti litici del Paleolitico e del Neolitico, ceramiche graffite e dipinte a bande rosse provenienti dalle grotte 'Sacara' e 'Zinzulusa'.

L’attuale percorso espositivo è organizzato in 4 sezioni, Geologia e Paleontologia, Paleolitico ed Arte preistorica, Neolitico, Età di Metalli ed Etnografia.