Il Museo Civico nasce per testimoniare la storia della città di Crotone con pezzi datati dal XV al XIX secolo. Il percorso museale è articolato in sei sezioni.

La sezione araldica raccoglie le insegne della famiglia Ruffo, feudataria di Crotone fino al 1531. Nella sezione armeria vi sono esposti cannoni e artiglieria da naviglio in bronzo recuperati nelle acque circostanti il crotonese e armi bianche del XVIII-XIX secolo.

Nella sezione ceramica vi sono invece custoditi i reperti recuperati durante la ristrutturazione del monastero di Santa Chiara e nel Castello. Vi sono, inoltre due sezioni tematiche; in una sono esposte stampe e foto del periodo compreso tra la fine dell’800 ed il 1950 ed una sezione del costume medievale con 52 abiti di principi, dignitari, cortigiani, popolani, artigiani e religiosi.

Infine, vi è una sezione dedicata ad i casali scomparsi quello di San Janni, sito tra Cutro e Papanice il cui nome deriva dalla presenza di un monastero intitolato a San Johannis Minago.