Nei locali cinquecenteschi attigui alla Basilica e sovrastanti la Sacrestia Capitolare è allestito un piccolo ma prezioso Museo, che raccoglie arredi e dipinti provenienti dalle cappelle demolite durante i restauri realizzati nel 1915-30, e altri appartenenti al tesoro della chiesa stessa. Si segnalano dunque due dossali, entrambi attribuiti al Maestro del dossale di Sant’Antonino, di cui uno databile al 1425-30 rappresenta otto episodi della vita di Sant’Antonino, il secondo risalente alla metà del secolo XV raffigura Dio Padre benedicente con la colomba dello Spirito Santo tra sei profeti. Un terzo dossale, poco più tardo (1470-1480), attribuito ad un non meglio identificato Pittore piacentino, presenta al centro una Crocefissione, che risulta però frammentaria, affiancata da Sant’Agostino, San Gerolamo, San Gregorio e Sant’Ambrogio.

Particolarmente interessanti poi un Sant’Antonino di scuola lombarda della fine del XV secolo e una Natività di Maria attribuita a Giulio Cesare Procaccini.

Si segnala inoltre una brandazza assegnabile al XVII secolo anticamente utilizzata nelle processioni del Corpus Domini. Il museo ospita inoltre rarissimi esemplari di codici miniati, pergamene e incunaboli, in parte conservati presso l’Archivio della chiesa stessa, il più antico della città, con documenti risalenti al secolo VII.