Il Museo bonifaciano e del Lazio meridionale è stato allestito da Giuseppe Marchetti Longhi per conto dell'Istituto di Storia e Arte del Lazio meridionale (ISALM) in circa un ventennio (1950-1973) nella sale al secondo piano del Palazzo; è una mostra permanente con finalità di esposizione di memorie e cimeli, e di rievocazione e ricostruzione storica sintetica di tutte le vicende legate al Lazio meridionale. Con il museo l'Istituto voleva accompagnare la ricostruzione materiale edilizia ed economica del secondo dopoguerra dando impulso alla valorizzazione culturale e turistica del territorio.

Il nucleo originario della mostra è costituito dai materiali preparati per l'esposizione del 1950 tenutasi a Palazzo Venezia a Roma, quindi trasferita ad Anagni in coincidenza del Giubileo Universale di papa Pio XII. In esso confluirono poi fotografie, planimetrie, mappe, riproduzioni pittoriche, calchi, plastici, copie di documenti e reperti archeologici. Nelle intenzioni di Marchetti Longhi dovevano illustrare la storia regionale in tre grandi sezioni: quella antica, dalla preistoria fino all'epoca classica; quella medievale, con particolare interesse ai pontificati di Innocenzo III, Gregorio IX, Alessandro IV e Bonifacio VIII; quella rinascimentale e moderna, con riferimento ai costumi e alle leggende locali.