Il museo raccoglie gli affreschi e le sinopie di due monumentali tabernacoli che Benozzo Gozzoli affrescò nel comune di Castelfiorentino nel 1484 (Tabernacolo della Madonna della Tosse) e nel 1491 (Tabernacolo della Visitazione).

I due monumentali tabernacoli si trovavano in uno stato di conservazione assai precario già nel corso del XIX secolo: nel 1853 fu addossata una facciata in stile neogotico sul Tabernacolo della Madonna della Tosse, trasformandolo in un piccolo oratorio in modo da proteggere gli affreschi dalle intemperie; nel 1872 anche il Tabernacolo della Visitazione fu inglobato in un piccolo edificio con la stessa funzione.