Situato al piano nobile del palazzo vescovile, il percorso museale si snoda in undici sale e in una galleria con i ritratti dei prelati illustri, che sfocia nella sezione tarquiniense dell’Archivio storico diocesano. Dal salone si accede alla cappella vescovile e alla sala che contiene le tavole cinquecentesche: La Madonna del Latte o della Neve del Pastura (Antonio del Massaro dal Viterbo), la Tavola dei Casenghi (sant’Antonio Abate tra san Sebastiano e san Rocco) e quella della Deposizione con l’Addolorata di mastro Monaldo Trofi (1480-1537) di cui il museo conserva altre due tavole: l’Adorazione dei Magi e la Nascita di Maria. Nelle sale sono esposti busti reliquiario quattrocenteschi, argenterie, reliquiari, paramenti, oggetti della pietà popolare, arredi liturgici, mobilia, tele e dipinti provenienti dai numerosi edifici di culto esistenti in Tarquinia, città delle torri e delle chiese.

Di notevole interesse la tavola del SS. Salvatore (fine sec. XII) che ricorda le antiche feste cornetane d’agosto, le pale d’altare provenienti dal Duomo di santa Maria e Margherita (tra cui le opere del Campanella e un pregevole san Sebastiano del pittore seicentesco G. F. Romanelli).

Attraverso la galleria dei vescovi e pontefici, si torna alle due sale iniziali dove è da notare la Madonna di Cibona di Pierfrancesco Mola e nel salone le due splendide pale d’altare commissionate da san Paolo della Croce a Tommaso Conca (1750 – 1815) per il ritiro della selva di san Pantaleo, ultimo da lui fondato e voluto a Corneto. Raffigurano la Desolata (Maria Addolorata), san Michele e la Maddalena (protettori dei passionisti). Uno stendardo, una tela della Crocifissione, reliquiari e arredi ricordano il patrimonio artistico e religioso delle numerose confraternite e corporazioni di Tarquinia, tra cui quelle del Gonfalone e di san Giuseppe e la celebre Università dei Calzolai, con il tipico culto di san Crispino e san Crispiniano.