Nella prima sezione del Museo, allestita al piano terra nel 1988 come mostra permanente, sono esposti, nelle prime due sale, i complessi funerari provenienti da tre tombe a camera di età ellenistica (IV-I sec. a.C.) della famiglia dei Curunas (Necropoli di Madonna dell'Olivo).

Segue nella terza sala l'esposizione della raffinata cassa di sarcofago con scena di amazzonomachia su tre lati e lotta fra belve sul quarto (decenni finali IV sec. a. C.), proveniente dalla Tomba da questo denominata del Sarcofago delle Amazzoni, mentre nella quarta e ultima sala, sono collocati i sarcofagi di cinque generazioni della famiglia Vipinana, compresi tra il 310 e il 170 a.C.

Al piano superiore, nel braccio a sinistra, sono esposti in tre sale i corredi restituiti da tombe etrusche del periodo dall'orientalizzante antico (fine VIII- prima metà VII secolo a.C.) alla piena età arcaica (VI secolo a. C.) delle varie necropoli di Tuscania (Pian di Mola, Le Scalette, Ara del Tufo, la Peschiera, Sasso Pizzuto, ecc...). Trattasi soprattutto di ceramiche in impasto (tra cui bacini per la conservazione delle derrate alimentari, olle per l'acqua e anfore per il trasporto del vino), anche a decorazione plastica o impressa e/o incisa, di vasi in impasto buccheroide e in bucchero spesso decorati ad incisione, di vasi etrusco-geometrici ed etrusco-corinzi anche figurati e di varie fabbriche, ma sono presenti anche vasi attici ed etruschi a figure nere (olpe del Pittore di Micali).