L'edificio che oggi ospita la sede dell’Antiquarium, fa parte del complesso dell'Hospitalis, luogo dedicato all'accoglienza dei poveri e dei pellegrini. Le prime notizie della sua esistenza risalgono ad un testamento del 1169 nel quale vengono menzionate la chiesa di Santa Maria Maddalena e l'ospedale stesso. Inizialmente la gestione economica dell'ospedale fu affidata ad un diacono e successivamente alla famiglia Giovio, il cui ruolo fu riconosciuto ufficialmente dal Pontefice Alessandro VI con una bolla del 1496.