L’ordinamento attuale, avviato nel 1990 e completato nel 1996, non ha modificato i criteri espositivi fissati subito dopo la morte di Marcello Rizzi, ma ha integrato l’esposizione dei dipinti, riordinata secondo più stringenti criteri cronologici, con l’apertura dell’intero Palazzo, in cui è stato dato spazio agli oggetti che erano rimasti esclusi nella precedente sistemazione.

Diversamente dalle sale del secondo e del terzo piano che hanno totalmente perduto l’aspetto di ambienti domestici, le stanze del primo piano sono state allestite cercando di restituire, per quanto possibile, l’atmosfera di una ricca casa borghese tra la fine dell’Ottocento e i primi decenni del Novecento.

In questi ambienti, che dall’ingresso si snodano fino alla stanza da pranzo in cui campeggia un grande tavolo apparecchiato con i servizi di gala, hanno trovato posto le diverse categorie di oggetti (dipinti, mobili, ceramiche, stipi in legno, stampe, cornici, libri d’arte e quant’altro ) verso cui si rivolse l’interesse collezionistico della Famiglia Rizzi.

I dipinti che completano l’arredo delle sale al primo piano sono stati disposti tenendo conto unicamente della loro valenza decorativa e  della destinazione d’uso dei vari ambienti; al contrario al secondo e al terzo piano, le opere sono state sistemate secondo un preciso ordine cronologico e raggruppate per scuole (genovese, lombarda, emiliana, veneta, toscana).

Le sale al secondo piano contengono dipinti e sculture che partendo dal Quattrocento  coprono il Cinquecento e la prima metà del Seicento. Alla seconda metà del Seicento e al  Settecento è invece dedicato l’intero terzo piano dove, nei locali che si aprono dal giardino, sono ospitati anche i depositi e dove trova posto infine una saletta riservata all’esposizione (temporanea e a rotazione), di disegni e incisioni   di cui la Galleria possiede un consistente nucleo (circa 100 disegni e 600 incisioni).