In seguito al terremoto del 1980 venne alla luce la Cripta, situata nel succorpo della Cattedrale, contenente diversi manufatti. Il ciclo absidale di circa 11 mq, che ripropone il modello della vita cristiana medioevale e monastica, presenta al centro Gesù Crocifisso in trono, che focalizza la centralità universale del Cristo, ed è circondato da una teoria di Santi, a destra: Pietro Apostolo (legame con la sede di Pietro), Caterina di Alessandria (saggezza del credente) e Antonio Abate; a sinistra: Giovanni Battista, Madonna con il Bambino (pietà mariana collegata alla chiesa bizantina), Guglielmo Vercelli (apostolo eremita in Irpinia e fondatore del monachesimo verginiano).

Gli affreschi, opera molto probabilmente di allievi napoletani di Giotto, sono stati restaurati dalla Soprintendenza ai Beni Artistici e Storici di Avellino e Salerno e collocati su robusti telai di alluminio rivestiti di sughero isolante. Oltre agli affreschi sono stati ritrovati anche altri reperti: il coperchio di una tomba romana con la seguente epigrafe: "D.M. Rubrua resilli JAN Claudio Quintiliano coniugi B.M. fecit", classificata dal Mommsen e dallo Iannacchini; una pietra mensoria o tomolo per misurare granaglie e cereali; 2 capitelli corinzi e un blocco di pietra con rilievo dell’immagine della Madonna di Monserrat; una scultura lignea della Madonna della Libera del XIV secolo; una scultura lignea della Madonna della Libera del XVI secolo; l’altare sacrificale dietro il quale si trovava il ciclo absidale.

Il Museo è stato inoltre arricchito da diverse tele tra cui una su S. Euplio realizzata dalla pittrice siciliana Carmen Arena e due icone raffiguranti S. Euplio e la Madonna della Libera realizzate dall’iconografo italo-argentino Gustavo Costanzo.