Ospita una serie di collezioni che vanno dall'antichità (Museo archeologico nazionale nei sotterranei) all'epoca moderna, alternando ambienti monumentali e corridoi angusti, intrecci di gallerie scavate nel tufo e grandi spazi voltati a mattoni.

Nei suoi 350.000 metri cubi d'estensione (di cui 13.000 metri quadrati in pianta aperti al pubblico) si trovano quindi svariate testimonianze storico-artistiche, che possono essere lette come una sintesi della città e della sua storia, coprente un arco di circa mille anni. Vi spicca il celebre Pellegrinaio, il più importante ciclo del Quattrocento senese.