La Collezione di Botanica è costituita da un insieme di modelli di fiori e di vegetali, microscopi e altre piccole attrezzature. È conservato inoltre l’erbario noto con il codice internazionale SS.

L’erbario, fondato nel 1876, contiene circa 100.000 exsiccata relativi all’Erbario sardo, con campioni della flora della Sardegna e all’Erbario generale, con campioni della flora europea e mediterranea. Nell’erbario vengono oggi depositati anche gli esemplari collegati alle ricerche sulla flora, vegetazione, conservazione della biodiversità, sistematica e filogenesi, monitoraggio ambientale del Laboratorio di Botanica ambientale e Biosistematica vegetale del Dipartimento di Scienze della Natura e del Territorio.