Il Museo risale al 1908, anno in cui venne istituita all'Università di Bologna la cattedra di Antropologia, e il primo nucleo della raccolta venne collocato in due stanze di Palazzo Poggi. Nel 1991 il Museo venne riallestito e nel 1993 venne trasferito nell'attuale sede.

Il materiale, che documenta la storia e l'evoluzione dell'uomo, è diviso in tre settori. Il primo è quello di Paleoantropologia e Preistoria, dove si trovano calchi di scheletri e crani insieme a ricostruzioni degli ambienti preistorici per una migliore comprensione. C'è, inoltre, una raccolta di ossa appartenenti al Neolitico fino all'epoca romana e un'esposizione multimediale sul lungo cammino dell'uomo, che aiuta a comprendere meglio la Paleoantropologia.

La seconda sezione è quella di Strumenti e Metodi Antropometrici, ed espone il materiale e gli attrezzi usati dall'antropometria, tra cui anche quelli inerenti l'antropologia criminale del Lombroso. Si trovano oggetti per misurare la vista, lo scheletro, e scale cromatiche per studiare i diversi colori degli occhi, dei capelli e dell'incarnato.

L'ultimo è il settore Uomo e Ambiente, nel quale una serie di vedute panoramiche racconta il rapporto uomo-ambiente in varie condizioni geografiche e culturali.