Si accede al Collegio dalla porta principale disegnata dallo stesso Lodovico di Antonibo e decorata da ante intagliate da Antonio da Mercatello nel 1501. La prima sala che si incontra è il vestibolo, o Sala dei Legisti, dove si trovano alcuni banconi barocchi, intagliati da Giampietro Zuccari e aiuti (1615-1621).

A destra si accede alla Sala delle Udienze, a base rettangolare coperta da volte ogivali, che generano una serie di lunette affrescate dal Perugino. Un alto è occupato da Tribunale, bancone ligneo a due ordini di seggi intagliato e intarsiato, sormontato da una lunetta con due grifi tra ghirlande che inquadrano la statuetta in terracotta della Giustizia, attribuita a Benedetto da Maiano. Un altro banco presenta intarsi di Antonio da Mercatello (1508). A metà della parete di fondo si trova una ringhiera con un piccolo pulpito rinascimentale, opera di Antonio Masi d'Antonio (1562).

Dall'angolo in fondo a destra della Sala si accede alla Cappella di San Giovanni Battista, realizzata nel 1506-1509 da Gasperino di Pietro sulla primitiva chiesa di San Giovanni della Piazza, che era stata inglobata nel palazzo con l'ampliamento quattrocentesco. Venne interamente affrescata da Giannicola di Paolo tra il 1515 e il 1518. Nella volta sono rappresentati il Padre Eterno tra apostoli, evangelisti, dottori della Chiesa, e santi patroni di Perugia, mentre sull'altare si trova un Battesimo di Cristo e ai lati un'Annunciazione (1515-1516). Le pareti laterali sono decorate da Storie della vita di Giovanni Battista e Sibille. Il paliotto dell'altare è opera di Mariano di ser Austerio e raffigura il Battista entro una ghirlanda e un fregio (1512-1513). I due sedili intarsiati sono di Antonio da Mercatello (1509) e l'altare (1516).