Il museo civico di Palazzo Marliani-Cicogna fu aperto al pubblico nel 1990, per dare sistemazione alle opere d'arte di proprietà comunale. I restauri, iniziati negli anni ’80 e terminati nel 2002, hanno portato alla luce alcuni caratteristici ambienti, quali la cantina da vini e le scuderie, risalenti al secolo XVI, nonché le decorazioni e i tipici soffitti settecenteschi dipinti “a passa sotto”. Le opere della collezione, composta da circa 200 tra dipinti, affreschi, sculture, disegni e grafica, sono raggruppate in base a criteri tematici, stilistici o cronologici. Si va dalle testimonianze di pittura devozionale provenienti dal territorio, a poche ma significative opere del Manierismo lombardo, sino a lavori di importanti artisti nativi di Busto Arsizio: Biagio Bellotti (1714-1789) e Giuseppe Bossi (1777-1815).

La parte più consistente delle opere documenta la stagione del tardo romanticismo lombardo, con autori locali ma attivi soprattutto a Milano, quali Enrico Crespi ed Emilio Magistretti. Arturo Tosi, anch’egli nativo della città, è presente con un discreto numero di dipinti, mentre ricca è la selezione di opere di autori attivi e conosciuti nella zona dai primi decenni del Novecento all’attualità. E poi ci sono, tra gli altri: Claudio Olivieri, Tino Repetto, Enrico Della Torre, Claudio Rotta Loria, Giorgio Albertini, Attilio Forgioli, Gianfranco Pardi, Sergio Sarri, Giancarlo Ossola, Alberto Venditti, etc.

Molte opere di arte contemporanea provengono dalle diverse edizioni del “Premio di Pittura Città di Busto Arsizio”, organizzato dal 1996 al 2004 con cadenza biennale. Dagli anni della sua apertura il museo ha proposto mostre temporanee d’arte figurativa, di taglio storico documentario e momenti di approfondimento e formazione. I servizi educativi sono articolati in laboratori didattici, visite guidate interattive anche in lingua inglese e francese sulla collezione permanete, attività a tema in occasione di mostre temporanee.