Il complesso è opera dei secoli XVI e XVII. La chiesa abbaziale venne rielaborata in forme tardorinascimentali nel 1562 ed agli inizi del Seicento ottenne l'aggiunta di un atrio con un vestibolo classicheggiante. La facciata della certosa presenta dei moduli frammisti tra gli stili rinascimentale e barocco composti da molte statue, obelischi, fregi e fiamme. Essa si compone di tre ordini scanditi da lesene corinzie binate che dividono le varie nicchie contenenti effigi di santi e vescovi.

All'interno, nell'area absidale, il soffitto è sovrastato da un tiburio di forma ottagonale, mentre tutta la chiesa (opera di Vincenzo Seregni), si presenta ad un'unica navata con volta a botte e stucchi geometrici. Celebre è il ciclo pittorico, eseguito in due tempi da Simone Peterzano (1578) e dal grande Daniele Crespi (1629). La sala capitolare conserva, nella volta, un bellissimo affresco con San Michele, opera di Bernardo Zenale (principio del XVI secolo). La cappella dell'Annunciazione presenta una pala di Enea Salmeggia e affreschi di Biagio Bellotti.

Pur mutilata del chiostro grande (distrutto all'epoca della secolarizzazione napoleonica), e lambita dal cavalcavia che collega alle autostrade dei Laghi e alla Torino Venezia, resta un monumento di notevole interesse.