Le sale dell'appartamento Borgia vennero create come residenza privata di papa Alessandro VI e dalla sua famiglia, e decorate da uno straordinario ciclo di affreschi del Pinturicchio e aiuti, databile al 1492-1494.

Alla morte del pontefice, gli appartamenti furono abbandonati. Soltanto alla fine dell’Ottocento vennero riaperti al pubblico. Attualmente gran parte delle stanze sono destinate all’esposizione della Collezione d’Arte Religiosa Moderna, inaugurata da Paolo VI nel 1973. La Collezione comprende circa seicento opere di pittura, scultura e grafica, frutto di donazioni di artisti contemporanei italiani e stranieri: vi si trovano anche opere di Gauguin, Chagall, Klee e Kandinskij.

Le sei sale dell'appartamento Borgia presentano decorazioni che interessano soprattutto le volte e le lunette, con soluzioni diverse da sala a sala, ma legate a uno stile e un filo conduttore comune.