La raccolta museale, situata in quattro sale al piano terra del convento di Santa Maria Nova (S. Francesca Romana) attiguo alla chiesa, è stata costituita da Giacomo Boni all'inizio del novecento. Attualmente raccoglie documenti relative alle esplorazioni stratigrafiche del Foro e materiali provenienti dagli scavi, frammenti architettonici e di sculture, epigrafi, scheletri, suppellettili e corredi funerari del sepolcreto arcaico, la necropoli delle prime popolazioni che abitarono il Palatino, risalente al IX secolo a. C. Vi sono conservati anche i rilievi della Basilica Aemilia, con la raffigurazione di episodi delle origini di Roma e del mito di Enea.