L’Antiquarium è articolato in un percorso espositivo che accompagna il visitatore all’esterno e all’interno della chiesa di Santa Maria in Portuno. Alcuni pannelli illustrano la chiesa, lo scavo intorno all’abside e la parete nord; altri danno informazioni sui monumenti conservati all’interno dell’edificio (il miliario, i reimpieghi, i dipinti, i nuovi scavi e gli ex voto). L’intero percorso si conclude in una saletta espositiva dedicata alla ricostruzione del paesaggio antico, alle attività produttive e alla vita nel monastero.

Un percorso a parte è stato infine elaborato per i bambini, utilizzando alcuni pannelli, posti ad altezza adeguata, con la funzione di far giocare e di divertire i più piccoli insieme al gatto Portunello.