Nei locali annessi alla chiesa è stato ricavato dal 1991 un piccolo Antiquarium che funge da museo archeologico. nelle due stanze sono raccolti materiali archeologici provenienti dalle zone limitrofe e venuti alla luce durante alcune campagne di scavo.

Il pezzo senz'altro più interessante è un Idoletto pagano (Eros che cavalca un cane), in pietra, databile al II secolo d.C., anche se non tutti gli studiosi sono concordi. Sono inoltre presenti numerose urne etrusche. Tra le opere pittoriche sono da segnalare il trittico raffigurante la Madonna col Bambino e i Santi Giovanni battista e Girolamo della Marca opera del Maestro di Signa e tutta una serie di tele la più importante delle quali è quella raffigurante i santi Sebastiano, Girolamo e Rocco della scuola del Pollaiolo.