Il museo è concepito con un sistema dì moduli didattici autonomi e allo stesso tempo interdipendenti, legati da un filo conduttore comune: lo scavo archeologico inteso non come "asportazione" ma come mezzo di conoscenza storica, che in ogni momento collega l'immagine del reperto allo scavo stesso.

L'esposizione conduce il visitatore alla comprensione della stratificazione storico-archeologica della città, attraverso un percorso che lo introduce dapprima nel contesto storico del Mediterraneo, per accompagnarlo successivamente lungo un viaggio ideale nella Sicilia antica, visto con gli occhi degli storici di ogni epoca e dei viaggiatori ottocenteschi.

Particolarmente suggestiva è la ricomposizione di uno squarcio della necropoli ellenistica, ricostruito nel contesto di scavo utilizzando riproduzioni di calchi in vetroresina degli inumati e le coperture sepolcrali originali. Questo settore è arricchito da numerose vetrine espositive, dove sono presentati i corredi funebri rinvenuti, fra i quali riveste particolare interesse quello femminile della tomba 79, risalente al IV secolo a.C. e comprendente due unguentari di alabastro calcareo di produzione medio-orientale, due specchi di bronzo, una pisside in piombo, una lekàne a figure rosse. Nella tomba è stata rinvenuta un'iscrizione funeraria in greco che consente di conoscere pure il nome della donna sepolta: Takima.