L'Antiquarium precede la visita della cittadella medioevale, alla sommità della collina sotto la quale avvenne lo scontro tra i Cartaginesi e i Romani. Il museo documenta gli insediamenti umani nel territorio di epoca preistorica, classica, apulo-greca e medievale. Presenta inoltre una ricca collezione di vasi dauno-peucezi dipinti con disegni geometrici risalenti al IV-III secolo a.C., provenienti dai sepolcreti di Canne. Ospita ornamenti in bronzo e ambre, corredi tombali, ceramiche, antefisse, iscrizioni, monete di epoca bizantina. Tra gli altri anche una protome antropomorfa rinvenuta dagli scavi effettuati in località La Boccuta, risalente al 3000 a.C. Sotto la tutela della Soprintendenza Archeologica della Puglia, propone tutta una serie di reperti che testimoniano gli insediamenti presso le rive dell'Ofanto a partire dall'età neolitica. I resti conservati testimoniano le fasi storiche della popolazione cannese che durante l'età del bronzo, affronta un periodo piuttosto raffinato e che sfocia nell'età repubblicana in una dipendenza dalla città di Canosa.