Il museo, costituito da due sezioni: quella archeologica (Antiquarium del Castello della Motta) al piano inferiore e quella di paleontologia (Mostra del Fossile) al piano superiore, è stato aperto al pubblico nel giugno del 2011. La sezione archeologica è frutto della cospicua mole di dati e di reperti acquisiti con le campagne di scavo nel Castello della Motta; la sezione paleontologica proviene in gran parte da donazione privata.

Entrando, c’è la sala "infoparco" con una grande mappa che individua il territorio della pedemontana orientale, da Cividale del Friuli a Tarcento, su cui sono indicati gli insediamenti fortificati di epoca medievale: sopra la carta topografica sono messi in evidenza piccoli modelli dei castelli della Motta, di Attimis, sia superiore che inferiore, di Partistagno e di Zucco presso Faedis. L'allestimento evidenzia come i luoghi fortificati del territorio siano disposti lungo la fascia pedemontana, ad est del torrente Torre. Il loro allineamento in punti strategici testimonia una sorta di “sbarramento difensivo” sulle falde dei rilievi, a difesa della pianura e della strada sottostante. È la zona del Friuli a più alta concentrazione di castelli sorti tra XI e XIV secolo. Nel corso del XVI secolo i feudatari frequentarono sempre meno i loro castelli, posti in luoghi disagevoli, prediligendo la dimora nelle più confortevoli residenze poste nella pianura e nelle città fortificate.

Al primo piano del Museo è ospitata la sezione paleontologica, articolata in quattro sezioni strutturate per introdurre al visitatore alcuni concetti base della paleontologia. Offre al visitatore un inquadramento geologico del settore orientale delle Prealpi Giulie, con particolare attenzione alle Valli del Natisone.