Il percorso di circa 2 ore e 30 minuti comprende 70 vasche cui si aggiungono le 4 a cielo aperto del Padiglione Cetacei inaugurato nell'estate del 2013. La superficie totale della struttura è di 27.000 metri quadrati. Le vasche ospitano circa 15.000 animali di 400 specie diverse tra pesci, mammiferi marini, uccelli, rettili, anfibi, invertebrati in ambienti che riproducono quelli originari delle singole specie con evidenti finalità didattiche.

Quattro grandi vasche consentono di osservare gli animali da due diversi livelli; ospitano rispettivamente i lamantini, squali di diverse specie, foche, pinguini. Grazie al nuovo Padiglione Cetacei, i delfini possono essere ammirati sia dall'alto, grazie a una grande parete vetrata con una finestra apribile, sia da una prospettiva subacquea grazie al tunnel vetrato di 15 metri di lunghezza e al grande acrilico lungo 20 metri.

Due volte al giorno, il pubblico può assistere al momento del pasto dei delfini con un addestratore a disposizione per raccontare curiosità e informazioni sulla biologia degli animali e sul lavoro quotidiano necessario al mantenimento di questi animali.

Una volta al mese, l’Acquario di Genova propone la "Notte con gli Squali", offrendo a un massimo di 35 ragazzi per notte (di età compresa tra i 7 e i 13 anni) di dormire davanti alla vasca degli squali, passando un'intera notte all'interno dell’acquario, per scoprire tutto sul comportamento notturno dei suoi abitanti.